Oddělení ftiseologické vzniklo v tehdejších Masarykových domovech jako pobočka Ftiseologického oddělení Nemocnice na Bulovce 12.12.1947. Prvním primářem byl jmenován MUDr. Antonín Prošek, CSc, který v této funkci setrval až do roku 1974 a přechodně také vykonával funkci náměstka pro léčebnou péči a byl také odborným poradcem pro ftiseologii pro Zdravotní odbor ÚNV hl.m.Prahy. Ve funkci jej pak vystřídal MUDr. Oskar Boleček, který již před válkou pracoval v Masarykových domovech a 6.2. 1945 byl zatčen Gestapem a deportován do Terezína. Po válce pracoval v Ústavu radiační onkologie na Bulovce a až v roce 1974 nastoupil zpět do Thomayerovy nemocnice na post primáře Oddělení tuberkulózy a respiračních nemocí (OTRN). Funkci primáře pak vykonával až do odchodu do starobního důchodu v roce 1982. Nedlouho, ani ne po dobu celého roku, byl v čele OTRN Thomayerovy nemocnice MUDr. Jiří Toušek, CSc., který nastoupil do funkce 1.4.1982. Jeho působení v Thomayerově nemocnici bylo ukončeno 19.5.1983, a to smrtí v mladém věku 53 let. Krátce pak vykonával funkci primáře MUDr. Josef Valchář, a to do 1.11.1984, kdy nastoupil na post primáře doc. MUDr. Jiří Dolenský, CSc, jenž byl odvolán necelý rok po Sametové revoluci, 31.10.1990. Primářem OTRN pak byl jmenován MUDr. Kamil Krofta, který byl jedním z nejvýraznějších postav v čele OTRN FTNsP spolu s panem doktorem Proškem, který plicní oddělení v tehdejších Masarykových domovech zakládal. Pan doktor Krofta pak vedl oddělení až do roku 2002, kdy byl vystřídán ve funkci MUDr. Janem Chlumským, Ph.D, který pak předal 1.10.2005 funkci do rukou MUDr. Martiny Vašákové po sestěhování obou částí Pneumologické kliniky, části Krčské a Prosečnické.
Od svého vzniku Ftiseologické oddělení a pozdější OTRN zažilo několik přesunů. Nejprve bylo umístěno v prostorech pavilonu B4, kde mělo část plicní vedenou panem doktorem Proškem a část hrudní chirurgie vedenou MUDr. Viktorem Hoppem, a to až do roku 1959, kdy byl pavilon B4 uvolněn a rekonstruován pro chirurgické oddělení. Plicní oddělení bylo již bez chirurgické části přestěhováno na pavilon G1, kde byla do té doby dětská tuberkulózní léčebna a zde zůstalo oddělení doposud. Ne vždy však lůžkové oddělení využívalo obě patra pavilonu G1, na přelomu tisíciletí byla v 1. patře pavilonu G1 umístěna II. interna a posléze pak oddělení septické chirurgie, plicní lůžka tím byla blokována. K výraznému rozšíření plicních lůžek došlo v roce 1999, kdy byl v říjnu připojen k FTN bývalý Odborný léčebný ústav TRN (OLÚ TRN) Prosečnice a spolu s OTRN v Krči vznikl pak celek Ústav pro léčbu TRN (ÚL TRN), který měl jeden primariát v Krči a druhý primariát v Prosečnici, vedený od 1.1.2000 MUDr. Martinou Vašákovou. Ředitelkou celého ÚL TRN byla od 1.12.1999 jmenována MUDr. Václava Bártů. Krčská část měla v době vzniku ÚL TRN 104 akutních plicních lůžek a prosečnická část 40 akutních lůžek a 137 lůžek následných, typu OLÚ. Vzniklo tím vůbec největší plicní oddělení v České republice s celkovým počtem lůžek 281. 1.1.2003 pak vznikla na půdě ÚL TRN Pneumologická klinika 1. LF UK FTNsP a MUDr. Václava Bártů byla pověřena vedením této kliniky. V témž roce pak došlo k převzetí pacientů a spádové oblasti Plicní kliniky na Veleslavíně po jejím zrušení výnosem MZČR. Z důvodů ekonomických a technických byla k 1.10.2005 provedena redukce lůžek Pneumologické kliniky a zahájeno sestěhovávání obou primariátů přesunem akutních lůžek z Prosečnice do Krče a ponecháním pouze následných lůžek v Prosečnici. Stěhování a sloučení pak bylo ukončeno 16.4. 2007, kdy se na pavilon K v Krči přesunulo Oddělení tuberkulózy a Jednotka pro léčbu multirezistentní tuberkulózy.
Po roce po sestěhování klinik, 1.8. 2008 došlo ke změně ve vedení kliniky došlo. Přednostou Pneumologické kliniky 1. LF UK FTNsP byl jmenován prof. MUDr. Jiří Homolka, DrSc, primářkou kliniky zůstala doc. MUDr. Martina Vašáková, Ph.D.
K poslední personální změně došlo 1.2.2016, kdy na post přednostky kliniky byla jmenována prof. MUDr. Martina Vašáková, Ph.D., a primářem byl jmenován MUDr. Luděk Stehlík.